从2006年6月起，扁、马两大朝野领袖，各自身陷国务机要费、特别费争议。两案有共同点，但其性质、制度及过程大不相同。陈水扁公开放话，称“国务机要费”要透过释宪解决，“首长特别费”则可以参考是否修法解决，立即引起外界质疑陈水扁“拿修法换释宪”，搭马案的便车为自己解套的联想。那么，两案、马扁到底走向何方？
马英九特别费案大事记
2007
2月
13日，马英九被依贪污治罪条例中的“利用职务诈取财物罪”起诉。
（陈水扁案中，检察官陈瑞仁接受了主计处“机要费半数可不用单据”的解释，未调查被以现金领进总统办公室的半数国务费。而马英九领半数特别费虽依法不需要单据核销，但因承认有剩余且当成私款列入财产申报，反而违反“公款剩余应缴还公库”的会计法规。）
1月
马英九将“市长”任内最后一个月的特别费余额，悉数退还给市政府。马英九透露，若遭起诉，他不但会辞去国民党主席，也考虑放弃竞选“总统”。
2006
11月
台湾“高检署”查黑中心侦办马英九特别费案，检察官侯宽仁约谈马英九，认为部分核销发票和支出项目不符。
（侯宽仁侦办过的大案的审判结果，不是被法院判无罪，就是求刑与法官的认定出现严重落差，办案评价分为两极。侯、马二人很有缘分，马英九在“法务部长”任内，公开称赞侯检是位“办案认真”的检察官，侯私底下，对正义形象的“马部长”十分推崇。）
图：侯宽仁
台北市府“秘书长”李述德说，从2003年至今，市长办公室秘书帮马英九余文核销特别费时用大额发票凑抵小额开销，造成支出与核销名实不相符。
民进党“立委”邱创进指出，马英九曾表示从政13年总共捐款5300万元新台币，但马英九申报的财产资料显示，公益捐款只有245万元新台币；他质疑马英九多捐出来的355万元新台币，是用特别费做公益捐款然后拿来抵税，明显涉及贪污。
首长特别费争议蔓延。
国民党“立委”向台湾高检署告发“司法院长”翁岳生，在特别费核销及使用上涉嫌伪造文书及贪污。台南“市长”许添财、前“副市长”许阳明被控侵占特别费、以假发票核销。
10月
2007年1月1日起，首长特别费支给全部要检具单据或凭证，全年度总经费约九亿六千八百万元的特别费都将先支出、再拨款。但并不包括支领“国务机要费”的陈水扁。
9月
““行政院长”苏贞昌表示，“首长”特别费从“副总统”到校长的六千五百位“首长”，不论拨入账户、领支票或现金，只要符合规定，都没有不法，亦无中饱私囊的问题。
民进党“立委”谢欣霓指马在1999年九月凭证核销金额就多达24万，按理在领据支用部分只能领10万元，才符合每月34万的特别费，但马还是照领17万。谢欣霓又出示马2002年度特别费情形明细，她表示当中有200多万元是载明犒赏员工，但因不需单据，只需列册再向审计部门请款，她质疑马英九私吞公款。
8月
民进党“立委”谢欣霓等批评马英九，每年将特别费的一半汇入自己账户，挪用具业务费性质的特别费当成生活费。马英九表示，全台行政“首长”特别费的用法都一样，他的特别费多做公益用途，且与私人生活费分得很清楚。
7月
民进党“立委”前往“审计部”检举台北“市长”马英九使用特别费涉嫌违法。（特别费：“中央”各机关“首长”、“副首长”因公招待、馈赠、奖赏及公共关系需要，依“行政院”颁布标准及支用规定核实办理，如台北市市长每月均有34万元新台币。
核发办法：最多一半不需要凭单据，可由“首长”或“副首长”签名领（整笔领走），其余都需要单据结报。）
陈水扁“机要费”案大事记
2007
2月
13日国务机要费案第八度开庭。
1月
国务机要费
案两次开庭。陈水扁向“司法院”大法官会议申请“释宪”，希望合议庭停止审理，但审判长表示将继续审理。
陈水扁公开放话，“国务机要费”要透过释宪解决，首长特别费则可以参考是否修法解决，立即引起外界质疑陈水扁“拿修法换释宪”的联想。
2006
12月
“国务机要费”案三次开庭。
11月
台北“地检署”侦结“国务机要费”案，吴淑珍、马永成、陈镇慧、林德训以贪污罪条例被起诉。
10月
“台湾红”负责人李慧芬在“立法院”“总统罢免案”审查会作证。
9月
“总统府”及“高检署”证实，检查官陈瑞仁于8月7日及20日分别就讯陈水扁和吴淑珍。约谈李登辉查证“国务机要费”用途。约谈“总统”随扈与吴淑珍亲友、同学等20人，追查案情。
（陈瑞仁，与陈水扁同毕业于台大法律系。被称为侦办弊案“第一高手”。为“深绿”背景，民进党的坚定拥护者。陈瑞仁对自己的政治倾向也丝毫不避讳。此次起诉吴淑珍，他声称“是以挥泪斩马谡的心情忍痛办理的”。）
图：陈瑞仁
8月
“查黑中心”约谈杏林新生制药负责人李碧君，她坦承，向李慧芬索讨君悦饭店发票，但不知为何流入“总统府”。李慧芬自澳洲返台至“查黑中心”作证，并证称李碧君向她要发票，都是要交给吴淑珍的。李碧君与李慧芬对质，否认曾亲手将发票交给吴淑珍。“查黑中心”传唤12名有消费发票进入“总统府”“国务机要费”账册的证人，追查为何发票会流入“总统府”。部分证人称，不知道自己消费的发票被“总统府”拿去使用，怀疑由商店直接提供给“总统府”。
7月
检调约谈“总统府”前副秘书长马永成就“国务机要费”案说明。“查黑中心”约谈杏林新生制药负责人李碧君，她坦承，向李慧芬索讨君悦饭店发票，但不知为何发票流入“总统府”。李碧君讯后遭检调限制出境，并列为被告。查黑中心查扣近6年“国务机要费”的单据。
6月
“台湾红”负责人李慧芬向国民党“立委”邱毅爆料，她的300万新台币君悦饭店住宿发票，被堂姐李碧君拿去转交吴淑珍核销“国务机要费”。审计部”派员赴“总统府”查账，事后将疑涉不法相关资料函送“高检署黑金中心”调查。台湾“高检署”查黑中心根据先前接获的检举内容分案完成，由检察官陈瑞仁调查“国务机要费”流向。（机要费：供“总统”行使职权的相关费用，明定使用项目包括：政经建设访视、军事访视、接待“外宾”及礼品、犒赏及奖助。由预算核定数额。
核发办法：“审计部”认为每笔支出必须检查合格原始凭证才能核销，而主计处认为半数可不用单据。）
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