当前，我国部分城市正在进行排污权有偿使用和交易的有益探索，并在一定程度上改善了当地环境，但是，在大胆尝试排污权交易这一“舶来品”的同时，也并发了因“移植”而产生的诸多“不适”甚至“排异”，制约了排污权有偿使用和交易的进一步开展。
“排污权新政”遭遇法律“排斥” 排污权是否是一种商品，是否是一种用益物权，能否进行交易，法律上没有给予明确认定。
排污权初始分配存在绩效分配方法没有落实到地方、新源的排污权获取方式不明确，且缺乏有效监管，存在很大的权力“寻租”空间。
“绿色信贷”目前缺乏有效的法律依据，我国担保法、物权法、商业银行法等法律法规均未规定排污权可以作为权利质押的标的物。
诸如此类的问题直接关系到排污权交易能否顺利进行。我国排污权交易的立法工作滞后，在现有的法律体系范围内，无法解决诸如上述的问题，出现了法律空白。
摸着石头过河欠缺相关机制 缺乏科学有效的环境容量评估体系，排污指标的核定与实际排放量出入较大。区域内主要污染源数据库没有建立，各类统计口径不一致，污染源数据库陈旧，企业偷排现象严重，这成为全面推进排污权交易的难点问题。
缺乏排污权交易与排污总量控制的平衡机制。在排污总量控制的前提下，如何建立平衡机制，使排污权交易不仅不会引起排污总量增加，相反还能使排污总量不断减少，这成为全面推进排污权交易的又一难点问题。
缺乏排污权交易与环保行政处罚的衔接机制。对超标排放的企业进行行政处罚之后，缺乏与排污权交易相衔接的机制，环境污染问题并不能立刻解决，这成为全面推进排污权交易的又一难点问题。这三大难点问题的解决，离不开相关法律的支撑。
税收制度限制排污权交易市场 价格和税收机制不健全，限制了排污权交易市场的活跃发展。排污权价格的市场形成机制还未形成，且现有税收机制无法解决下列问题：作为资产，排污权应如何被列入资产衡算表；排污权持有者因其交易排污权而获利应如何征税？我国的价格法、企业所得税法等相关法律法规并未对此进行明确规定。
治污成本无差异，造成排污权交易市场不活跃，排污权交易还处于“拉郎配”式的点对点交易阶段。如何运用法律手段健全排污权交易的价格和税收机制、活跃排污权交易市场，这成为今后一个时期内排污权交易立法工作必须面对的难题。
根据《中国公众环保指数(2008)》的统计，环境污染问题的公众关注比例为37.7%，位列前三甲。中国公众对环境问题的关注再次成为各大媒体关注的焦点之一。在环境形势日益严峻的今天，在环保意识不断提高的今天，加强排污权有偿使用和交易方面的立法工作，尽快制定和完善一、二级市场规则十分必要。我们期待国家就排污权有偿使用和交易尽快制定相关法律，在“保增长、扩内需、调结构”的总基调下，更好地运用环保新政———排污权有偿使用和交易，切实推进产业结构调整和节能减排工作的顺利进行。
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