1940年11月10日，在黄炎培主持的中华职业教育社的“星期讲座”上，马寅初登台劈头就说：“兄弟今天把儿子女儿都带来了，我今天的讲话，就算给他们的一份遗嘱！为了抗战多少武人在前方流血牺牲，我们文人也不惜死于后方！”这爆炸性的开场白引起场下骚动。

　　果然，25天后，即1940年12月6日，蒋介石下手喻秘密逮捕了马寅初。国民党中央社为掩人耳目，还发表了“立法委员马寅初，奉命派赴前方研究战区经济情况，业已首途”的假新闻。马寅初被投进贵州息烽集中营，与张学良、杨虎城同押在“特监部”，后转至江西上饶集中营。在强大的社会舆论压力下，于1942年8月获释，获释后仍被软禁在重庆歌乐山家中。当局规定“三不准”：不准任公职；不准演讲；不准发文章。在“教书不成，投稿无路”，生活无着的情况下，周恩来援手，指示《新华日报》为其发文章，商务印书馆（重庆）为其印书。马寅初与中共的交情越发深厚了。1944年12月，马寅初才真正恢复人身自由。

　　1948年金圆券币制改革之初，马寅初一针见血地指出：“妄图用高压政策把物价限制在硬性规定的水平上，这既不是币制改革的成功，也不是管理物价的办法。”他调侃蒋介石：“以前我给蒋介石个别讲过经济学，他根本不懂什么叫通货膨胀，物价为什么会上涨这一类普通的经济常识。因为蒋介石是行伍出身，只懂得立正稍息那一套。他喊一声立正，他的部下官兵就不敢稍息。打内战他是内行，但是搞经济就外行。这个物价就不听蒋介石的命令，他喊立正，而物价还是要向前跑。”他又讥讽道：“如果蒋经国用这种硬性限价的办法能管好经济，那么我马寅初写的一套经济学书籍可以搬到南京路虹庙去烧掉。”

　　对蒋介石要把黄金收归国有，原定五万元一两，后只付四万元一两而引起的“黄金风波”，马寅初怒指此举是违背“经济学法则”的流氓行为。演讲时他巧打比方：“我同蒋介石做了一笔生意，买他每包10支装的哈德门香烟，我同他已经签订了‘使用合同’，我已经照价付款了；但他交货时，每包烟里却只有9支，这岂不是明明白白地‘敲人竹杠’吗？”在谈经济法则并非因一个人的政治意图可转移的客观规律时，他说了一个笑话：德国有兄弟俩，老大喜欢喝啤酒，老二喜欢积攒钱。老大喝完啤酒把酒瓶扔在床底下；老二有了钱，就锁在保险箱里。二战结束后，老大卖空酒瓶的钱比老二攒的钱还多几十倍。马寅初在报告中戏谑蒋介石为“头号大真空管”，他解释“真空管就是肚里完全是空空的，顶上是光光的、秃秃的，头号是最大的。”

　　马寅初的风骨随处可见。1947年某警备司令部请他做“黄金买卖问题”报告，他见场下许多人在记笔记，便说：“（你们）应在记录本旁边写明这是我马寅初讲的，他们要算账同我马寅初算账，以免影响大家。”5月25日在中央大学讲话开场白是：“我今年66岁，60岁是本钱，我已经有6年的利息了。还怕什么？我这次来的时候，已经写好遗嘱，后事已经做好安排。中国五六百万军队，打日本不行，打我一个马寅初总行！”“兄弟是老牌的国民党员。不过，兄弟不是蒋委员长的国民党员，而是孙中山先生的国民党员。把一顶‘红帽子’给我戴，兄弟不怕戴，也戴不上。”他慷慨激昂地抨击了国民党当局，呼吁“要和平，反内战，要民主，反独裁！”字字掷地有声。

　　马寅初的另一句名言：“大炮无论如何要做，憨大是决计要做到底的。”斯言诚哉：1946年2月10日，重庆校场口事件（陪都“重庆各界庆祝政治协商会议成功”大会），马寅初遭打；1947年2月9日，上海“爱用国货抵制美货运动委员会”成立大会上，马寅初再遭殴打，以跳阳台脱险……正如郭沫若在1940年说的：你这个马寅初，可是个蒸不烂、煮不熟、捶不爆的响当当的一粒“铜豌豆”。

　　“粉身碎骨不必怕，只留清白在人间！”——1946年马寅初为重庆大学学生许显忠题词。

　　言必“兄弟”-杯水片语暖人心

　　1951年，马寅初重返北大，出任校长。学生们高兴地把他抛了起来。他在就职演说中说：“北京大学是我的娘家，见到了‘红楼’，心中有种说不出的感情。”作为教育家的马寅初意味深长地说：“我总想以行动教育学生，总希望北大的一万零四百名学生在他们求学的时候和将来在实际工作中要知难而进，不要一遇困难随便低头。”在北大师生的眼中，马寅初是谦恭敬业、尊师爱生、不拘言行的好校长，甚而有人昵称他为“老小孩”。解放前他是一袭宽大的长布衫，解放后他是一套中山装，朴素无华。虽贵为校长，统理繁杂的校务，但还亲到教学第一线听课、上课。见人总是一口一个“兄弟我”，嘘寒问暖，甚而对孙辈的学生都如此，使人倍感亲切。杯水片语暖人心。

　　马寅初到北大不久，中文系郭良夫老师在临湖轩举行婚礼，他应邀参加并作即席讲话：“我想请新娘放心，因为根据新郎的大名，他一定是位好丈夫。”顿时引爆了婚礼的热烈气氛。（1944年他给重庆大学商学院学生蔡大风婚礼所作贺词是：“希望新郎新娘将来好好教育子女，不要像蒋介石那样祸国殃民。”）他爱生如子。1956年一个叫莫述诚的学生患了严重的“风湿热”病，同学们给校长写信求助，马寅初知道后立即到校医院探视慰问。听说该生是湖州人，他马上说：“哦！我们是老乡。兄弟是嵊县人啊。”又安慰他不要急，“三天之后我一定让你住到好的医院去治疗。”马寅初随即给卫生部部长李德全打电话求援，该生很快被转到苏联红十字医院治疗。1955年冬天奇冷，马寅初到学生宿舍查铺，看同学们的被子太薄，马上让校方为被薄的同学每人发条棉被。那年，全市供煤紧张，北大供暖的煤不够用，办公室无奈。马寅初亲自到煤炭部找部长。办公人员告知部长不在，马寅初知道其中奥妙，硬把车堵在煤炭部门口“等”部长，最终得到解决。

　　他虽是校长，但对党员副校长一直很尊重。学校开大会，他有事离开前，总要对着扩音器大说几句：“兄弟刚才讲的无关紧要，大家要好好听江书记的，那才是正题。”他出任北大校长时，毛泽东与他谈话，希望他把北大办成一流大学。马寅初不客气地说：“要兄弟把北大办成第一流大学，就要支持我的工作。”毛笑问：“要怎样支持呢？”马说：“不要别的，兄弟点名要谁来北大讲演，请不要拒绝。”毛泽东欣然点头。50年代，周恩来、陈毅、李富春、康生等都到北大做过报告。马寅初请过毛泽东，未能如愿。凡有政界要人、文化名流到北大讲演，马寅初喜欢搬把椅子坐在讲坛一侧，随时和主讲者交流或插话。一次请体委一副主任来讲，马寅初忍不住插话，一插插走了题，竟然批评起历史系主任翦伯赞教授不爱体育活动，被师生引为笑谈。李富春来做报告，他插话时一会儿叫“李先生”，一会儿称“李副总理”，忽然又冒出个“李副总统”，让听众联想到远离大陆的李宗仁，引起一阵笑声和骚动。马寅初一片天真烂漫，口无遮拦，他作报告有时脱稿，少不了荒腔走板。学校办公室主任有良策，总坐在第一排见机行事打手势提醒。一次接待印度大学生代表团，对方是教育部长率团，有关方面提示，请马校长在讲国际问题时不能脱稿。马寅初怕管不住自己嘴巴，想了个办法，让人在发现他脱稿演讲时，送上一杯茶来；如还不能制止他，就让人为他打开杯盖说“喝茶”。这个点子果然奏效。鲁迅逝世20周年，文科师生提议请许广平来讲鲁迅，而且认为须以校长名义请才显北大的诚意。可是那天许广平来演讲时，马寅初却没有出席。同学们大为不解。后来才知道30年代马寅初与鲁迅在观念上有分歧，打过笔墨官司，马寅初体谅许广平的情感而有意回避了。人们说他是一位为人耿介、宽厚豁达、感情丰富、语言风趣的长者。

　　马寅初最大的业余爱好是体育运动。他的健身秘诀是登山和冷热水交替洗澡。他对爱好体育的学生尤为欣赏。学生戈悟觉跳高破北京市纪录，马寅初下请柬请他吃饭：四菜一汤，令戈悟觉终身难忘。他还曾拉住路过他办公室楼下的刘绍棠（后为名作家）与他一块做广播操。马寅初写了篇体育锻炼方面的文章，投给“学报”，还希望能发头条，“因为，没有身体，就什么也谈不上了。”可是“学报”编辑认为不适合，退稿。马寅初也不介意。师生们感慨地说：“北大民主呀！校长的稿子也敢不登！”

　　最有趣的是“反右”前夕某日，马寅初自己在“校长办公室布告”牌上贴了一张黄纸海报，标题是《请柬》，大意为：“我最近研究人口问题，小有心得，谨定于×月×日下午一点半，在大饭厅向全体教授和大学生们汇报学习心得，敬请届时到场指导”，最后是端正的个人签名：“马寅初敬上”。据当事人、学生宋云郊回忆：演讲的那天，大礼堂座无虚席。主持人是办公室主任高望之先生。北大有传统，听报告可以写条子提问题。那天有张条子到主持人手中便被收藏了，台下嘘声不断。马寅初发现后对高望之说：“拿来拿来，你不要贪污嘛！”高望之把条子递过去。马寅初接过条子：“我先念念吧：‘马老您是哪个马？是马克思的马，还是马尔萨斯的马？’”稍稍停顿，“我现在就回答：我首先是马寅初的马，”台下掌声雷动。稍顿，马老接着说：“也是马克思的马！”

　　不久，他被陈伯达点名：“马寅初要对他的《新人口论》作检讨！”康生也说：“我看马寅初是马尔萨斯的马！”他由此被拉下马，从北大消失。令北大人无限感佩的是“北大并没有像别的政治运动那样，揪出一个集团，只涉及‘单身匹马’的马老一人，这不得不归功于马老。”因为“马老以大无畏的精神独自承担全部责任，没有牵连到任何人，保护了同事。”

　　马寅初毕生敬畏生命、关注民生。他不仅仅爱人，连蚂蚁这样的小生灵他都不忍践踏。据其孙儿马思泽回忆，幼时他与弟弟们在院内玩耍，发现一窝蚂蚁正在搬家，黑乎乎的一长溜。小思泽与弟弟们兴奋起来，用手捻或用脚踏，要剿灭它们。从不对孩子们发火的马寅初，见了用手杖戳地，恼怒地说：“这也是生命啊！”马思泽后来感慨地说：“（我）无论如何无法将书（按：批判《新人口论》文集）中批判的那个要‘用战争消灭人口’的人，与身边那位为了蚂蚁的生命而恼怒生气的老人联系在一起。”说起马思泽这个名字，不由令人回味再三。马寅初为孙辈们起名都充满对毛泽东的崇敬。马寅初共有五女、两子。按马氏家谱，女儿为“仰”字辈，儿子为“本”字辈，下一代为“源”字辈。但马寅初为了让子孙后代牢记中国共产党和毛泽东，决定把孙儿改为“思”字辈。这是马寅初在出席开国大典时想好的。长子马本寅的两个儿子叫马思一、马思忠，次子马本初的女儿叫马思润，儿子叫马思泽、马思东，都嵌入毛泽东的名和字（毛泽东字润之），其寓意不言而喻。

　　在“文革”中，马寅初受到周恩来的保护，虽未被批斗，然而在身心上受到了极大的伤害。“文革”抄家来势凶猛。1966年8月，马寅初收到浙江大学寄来的传单，标题是《打倒大吸血鬼、反动学术权威马寅初》，出于害怕，他忍悲含痛把何香凝亲笔画赠的一幅《下山虎》烧了，一部呕心沥血数年写成的百万字《农书》手稿也塞进炉膛。留下的只有周恩来等和《新华日报》当年祝马寅初六秩大庆时送的两件贺联。

　　1979年8月，北大为马寅初平反，教育部党组重新任命其为北大名誉校长。1980年马寅初被增选为八届全国人大代表。

　　1982年5月10日马寅初谢世。终年101岁。