在天气预报领域,超级计算机也有用武之地。当前的中短期天气预报主要依靠动力学预报方法,这种方法利用计算机求解描述大气运动的动力学方程组来预测未来的天气。我们知道,大气运动遵循一定的物理法则,而这些法则可以由一组微分方程来表示。人们可以对这些微分方程求近似解,从而得到大气有某种初始状态开始的所有可能的后续变化。但是这种计算要求几个条件:初始状态必须准确;天气预报模型要符合实际情况;以及具备迅速完成大量运算的能力。最后一个条件,就要超级计算机帮助满足了。我国自行设计生产的银河II型大型机就曾经被使用于天气预报领域,而现在中国气象局用于天气预报的超级计算机曾经在2005年11月的Top500榜单上名列26位。在北京奥运会中,北京气象局也将采用IBM生产的超级计算机来为北京及周边地区提供精确到小时的天气预报。