机构扩编会带来连锁反应，一个机构扩编后，相关机构也紧随其后进行扩编。
在国务院严控行政编制的态度下，一些机构采取变通方式进行行政扩编，如设立事业单位、行使行政职能。
2013年8月21日，北京市第三中级人民法院正式成立办公，同一天成立的，还有北京市人民检察院第三分院。
北京新增两个政法机构的背景是，近年北京新增案件大幅上升。2011年，北京两个中级法院全年审结的案件，比1995年原北京市中院一分为二时，增长了485%。也就在这一年，北京市决定成立三中院和三分检，2012年7月，中编办批复同意。
新成立的两个机构，将新增人员编制830名，这些人将全部由财政供养。控制财政供养人员是每届政府都有的表态。2013年3月，新任国务院总理李克强明确表示，本届政府任期内财政供养人员“只减不增”。
从历史看，本届政府要实现这个目标，任重而道远，因为随着社会事务的增加，政府职能也不断转变，部分管理机构人员也会随之增加。
上一届国务院2008年成立之初，制定了各部门的“三定”（主要职责、内设机构和人员编制）规定方案，但5年过后，上一届26个国务院组成部门中，至少有8个部委进行了机构扩编。有的部委在届中，还增设了两个以上的内设机构。受制于编制管控，也有些部门以增设事业单位的方式代替行政扩编，甚至还以“挂靠”原有机构的方式，以规避“超编”的问题。
行政组织天然有扩张性
2008年，新一届国务院组成后，首先扩编的是国务院办公厅，编制由219名增加到519名，内设机构也由6个增加到9个。扩编的机构较明显地反映了社会的变化带来了职能增加，如新成立的应急管理办公室，就是2003年SARS后，应急管理被各级政府提上日程的产物；电子政务办公室也是随着新世纪以来电子政务不断推广应运而生。
“国办”的扩编，是上一届国务院一成立就写进了“三定”规定的，但更多的机构扩编，则是在“届中”进行，2010年成立的国务院医改办就属此类。
2006年医改领导小组成立时，实行的是发改委主任和卫生部长“双组长”格局，但效果不佳。2008年12月，国务院将机构升格，由时任中共中央政治局常委、国务院副总理李克强担任组长，国家发改委副主任朱之鑫兼办公室主任。但它毕竟是协调机构，工作仍有不顺之处，“做实医改办”的呼声不断。2010年，中编办批准了国务院医改办的机构编制15人，由临时机构变成常设机构，设在发改委，今年又调整到卫生计生委。
在国家行政学院公共管理教研部副主任马庆钰看来，有些机构的扩编并非完全没有道理。协调不好就增加机构的做法，不仅中国有，国外也存在。从行政学理论来说，行政组织自然而然带有扩张性，包括机构、人员、职能、支出等。“但不排除有些机构因为部门利益而扩编，这就需要编制部门认真把关了。”马庆钰说。
南方周末记者统计，到本届国务院组成之前，上一届26个国务院组成部门中，与上一届“三定”规定方案相比，至少有外交部、发改委、教育部、农业部、司法部、财政部、水利部、央行等8个部委增设了新的机构。
一些部委机构的增加，源于职能的调整充实。司法部在1998年时还只有9个内设机构，但随着统一司法考试制度的实施，以及被赋予管理法律援助及管理司法鉴定的职能，2008年司法部增加了三个内设机构，分别是司法考试司、法律援助司、司法鉴定司，2010年又增加了社区矫正局。
机构扩编的理由，大多数是为了“加强”某一方面的工作。例如2009年，为加强中国作为一个边界与海洋大国的涉外事务管理，外交部增设了边界与海洋司。2012年，为强调经济外交的作用，外交部又成立了国际经济司。2010年，在强调文化体制改革的背景下，财政部成立了文化资产管理办公室。2011年，农业部设立种子局。2012年，教育部设立综合改革司和巡视办公室。
除了国务院组成部门外，上一个五年中，国家海洋局还增设了海岛司，国家文物局设立了督查司。2010年，为加强对网络文化的建设管理，国新办成立了专司此职的九局。在“社会管理”成为热词的2012年，国务院法制办成立社会管理司。
“扩编”带来连锁反应
机构扩编会带来连锁反应，往往一个机构扩编后，相关机构也紧跟在后面进行扩编。
2012年9月，央行成立了金融消费权益保护局，意在保护“金融消费者”。央行是在2009年提出这一想法的，本意是成立一个统一的金融消费者保护机构，但遭到“三会”的抵制，最终每个部门在央行这个部门成立前后，都成立了相应机构—银监会成立了银行业消费者权益保护局，证监会新设投资者保护局，保监会成立了保险消费者权益保护局。“一行三会”都得到了扩编。
2009年，国务院通过《文化产业振兴规划》后，文化产业管理类的机构纷纷实体化。2011年7月，中编办批复成立了中央文化国有资产监督管理领导小组办公室，挂靠财政部。这一批复还特别强调，这个机构的序列排在国务院农村改革办之后。当年11月，国家统计局紧跟成立了社会科技和文化产业统计司。
比上述“横向”反应，更明显的是“纵向”反应。见到中央成立了“文资办”，北京市在2012年成立了首家省级“文资办”，并且是作为政府直属机构存在的，随后湖南、河北等省也成立了文资办。
尽管根据法律规定，上级政府不能决定下级政府的机构设置，但“上下对口”却是不成文的惯例。所以，上级部门一有机构扩编的风吹草动，下级就会迅速作出类似的“纵向反应”。国务院医改办成立后，各地纷纷将医改办“做实”，增加编制。2011年，中编办批准了环保部核安全司扩编，从一个司增加到三个司，编制由38个增加到85个。2012年，四川就对核安全管理局进行了扩充，由一个处增加到3个处。
上一个5年里，扩编最厉害的要数海关和质检部门。几乎每个月，中编办都会发出同意某地设立海关和出入境检验局的通知。海关和出入境检验局虽然都在地方，但由于实行垂直管理，是海关总署和国家质检总局在地方的派出机构，因此需要中编办批准设立。
一个地方有无海关和出入境检验局，是显示这个地方外向型经济发展水平的重要标志，也是地方对外开放的形象窗口。因此，在申请设立海关和出入境检验局时，各地主要领导都不遗余力地赴京“跑部”运作。例如，陕西榆林每年都将申报海关作为市委、市政府的重点任务，主要领导亲自到京沟通。甘肃为了申报金昌海关，省党政主要领导都亲笔给海关总署和质检总局领导写信，并派常务副省长到京沟通。
据安徽《宣城日报》报道，为申报宣城海关，该市编办主任与中编办的电话“成了热线，每个星期不是电话就是信息”。而在跑办的过程中，相关人员也与中央部委工作人员“由工作关系、上下级关系，渐渐变成了朋友关系”。
严控之下的变通
南方周末记者了解到，部委增加内设机构的一般程序是，由本部门党组（委）研究提出，报中编办，中编办向中央相关领导请示并得到同意后，再以中编办的名义批准。
机构扩编后，一般会相应增加人员编制。司法部增设社区矫正局之后，就增加了一名司局级领导职数。但也有采取内部调剂的办法，中国法学会2008年增设了法律信息部，2012年，法律信息部向中编办申请增加人员编制，最后中编办同意从法学会内部进行调剂。
在国务院严控行政编制的态度下，一些机构行政扩编的想法不能实现，但它们也没有因此却步，而是采取了变通的方式，如设立事业单位，行使行政职能。
2011年11月1日，水利部新闻宣传中心正式成立，这是一个经中编办批准成立的正局级事业单位，下设4个处室。国务院各部委中，名义是事业单位、实际是行政机构的不在少数，如住建部的稽查办公室、国土部的土地整理中心等等。农业部的草原监理中心甚至还有草原执法功能，但也是事业单位。
这些“事业单位”的形成，可追溯到上世纪80年代的机构改革，为实现行政机构在数字上精简，中国地震局、中国气象局这些行政机构都被改为事业单位，此后成立的保监会、证监会、银监会，尽管具有行政监管职能，但也是事业单位，不过是“参公管理”。
由于事业单位设置门槛较低，久而久之就形成了“事业单位是个筐，什么都往里装”的做法。2008年，国家发改委成立了节能中心，2012年又成立了国家应对气候变化战略研究和国际合作中心，都是正局级事业单位，但后者一成立就受到了专家学者的质疑，因为其定位和职能与国家节能中心类似，多成立一个机构就多一份支出。
但事业单位的设置终归还是有限制，于是一些部门又采取了“挂靠”的方式，做进一步的变通。南方周末记者了解到，某部委的研究室至今未获批准，于是就挂靠在办公厅名下，但内设处室和人员已调整到位，对外也以研究室的名义进行活动，一旦时机成熟，就单设机构，独立出来。
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