太原铁检分院的一名工作人员告诉记者，最大弊端是“保护主义”，铁路司法系统归铁路局管辖时，判案能轻则轻。有的案子被地方管辖了，铁路方面会要求把案子要回来，自己处理。还有一些铁路方面与其他单位的民事纠纷，判案也会倾向铁路方面。 一位曾在铁路司法部门工作的人证实有这种现象存在，他说，铁路司法系统的人、财、物都是由铁路系统提供，组织上也是由铁道部门直接领导，“铁路的人，用着铁路的房子，拿着铁路的钱，能不给人家办事？”[详细]
　　组织人事身份不属于国家公务员，实际身份是企业工作人员
　　从人员身份上看，铁路系统内的检察官和法官，其组织人事身份并不属于国家公务员序列，其工作职责虽然也是行使国家的检察权、审判权，负责刑事案件的侦查、起诉和审判刑事、民事等各类诉讼案件，但却无需经过国家统一的司法考试，也不经地方人大的任命。他们的实际身份，其实依然是企业工作人员。实践中的做法是，铁路检法工作人员一般由铁路行政部门直接任免，铁路地方法院院长、铁路地方检察长的任免则由地方路局、省检法系统提请地方人大常委会批准。由于人事任免制度的不统一性，致使铁路检法工作人员的素质参差不齐，这也直接影响了案件办理的整体水平，导致了消极的社会反响。
　　工作职责上行使国家的检察权、审判权
　　王国勤是太原铁路局的一名基层检察员，在临汾铁路运输检察院工作，2007年，从法理学专业研究生毕业后，进入铁路检察院。王国勤和同事一起外出办案，经常有人问他们“到底是什么身份”。“确实不好回答，很尴尬。”如果告诉对方是“铁路企业职工”，对方马上会问：企业职工怎么可以查案？

　　建国初期“苏联模式”建立铁路司法系统
　　建国初期，考虑到铁路是国家大动脉、铁路运输跨区域、社会治安形势复杂等因素，特别是当时政企不分、由国家办企业，铁道部代表国家对本系统实行全面治理，于是参照前苏联模式建立了铁路司法系统。 1953年至1954年间，国家在全国铁路管理局所在地设立了16个铁路运输法院，在铁路管理分局所在地设立了39个派出法庭，受理与铁路运输有关的刑事案件。“此举主要是针对铁路运输行业流动性大的特点，以免管辖不明，在调查、取证方面造成拖延。”
　　上世纪80年代初期，为了配合全国性“严打”建立了三级铁路“两院”
　　1982年，又自上而下建立了三级铁路运输法院和铁路运输检察院。当时理论界就有人质疑，认为在铁路建立这样一套司法系统很不严肃，但时值“严打”，铁路作为治安重灾区需要重点整治。随着经济体制改革不断深入，政企分离势在必行
　　铁路“两院”成了国家司法体系之外的“独立王国”饱受质疑
　　其实，司法机关是社会公器，它传统上就应当是国家的，而不能是行业和企业的。只有司法机关是国家的、吃“皇粮”而不吃“杂粮”，才能保证其站在国家立场上，遵从法律的统一规定来行使司法权，才能对企业、组织和公民个人一视同仁。而司法机关一旦为某个利益集团所供养和控制，必然影响其中立立场。毕竟，企业司法机关的人事任免、劳保福利、财政经费等直接影响司法机关组成及工作人员升迁、待遇的事项均由企业掌握，岂能不首先为企业利益考虑？ 即使企业司法机关的人员都有包青天那样的铁面无私作风，但从现代法治的程序正当性上看，它也缺乏公信力。[详细]