6月23日，审计署审计长李金华向十届全国人大常委会第十次会议作了《关于2003年度中央预算执行和其他财政收支的审计工作报告》，引起社会强烈反响。社会各界高度关注审计发现问题的整改情况。
9月23日，审计署公布了首批11个部门单位和4个地方政府的整改情况。审计署新闻发言人称，从近期了解的情况看，整改效果好于往年。
长江水利委员会———
全面检查工程质量，基本查清部分施工单位弄虚作假、偷工减料、违法分包的问题，正按有关法律法规处理
对长江堤防隐蔽工程等部分基础设施建设存在隐患和效益不高，专项资金管理使用混乱等问题，长江委及时组织力量进行全面检查，对发现的质量问题进行整改消缺，补抛水下抛石46400立方米，返修干砌石护坡41710平方米。目前部分堤段已完成整改工作，其余堤段的整改正在进行中。
部分施工单位弄虚作假、偷工减料、违法分包问题已基本查清，正在按有关法律法规处理。长江委等单位干部职工违法违纪案件已基本调查终结，其中，触犯国家刑律的有21人，严重违犯党纪政纪的有10余人。触犯国家刑律的已交由司法机关处理，违纪人员的党纪政纪处分正按有关规定办理。
广东茂名化州吴川三市地方政府———
集体私分的教育经费全面清退，“吃”、“分”教育经费600多万元的吴川市教育局局长被撤职，对其他有关责任人进行了严肃处理
广东省茂名市，化州市委、市政府对负有责任的领导和相关人员进行了严肃处理，共有10人受到党纪、政纪处分；化州市还成立了专门的领导小组，对集体私分的教育经费进行全面清退，上缴国库，目前已有80％款项清退完毕，其余款项正在清理中。广东省湛江市高度重视吴川市教育主管部门一年半时间“吃”、“分”教育经费600多万元的问题，对有关责任人进行严肃处理。吴川市教育局局长被撤职，原分管教育工作的副市长和市委常委、宣传部部长也受到相应处分。
工商银行———
共计处理责任人368名，其中开除42人，撤职18人，记过、记大过81人，解除劳动合同和辞退10人
工商银行完善了票据业务、城市建设贷款、个人消费信贷管理，对审计结果中提及的河南个别分支机构员工内外勾结、利用票据“包装”诈骗资金案中26名有关责任人作出处理；在查处广东南海支行对华光装饰板材有限公司贷款风险问题中处理责任人26名；在查处北京朝阳支行私设“小金库”问题中处理责任人18名；对在上海外高桥保税区支行违规发放个人住房贷款中负有责任的支行副行长予以行政开除处分。到目前，共计处理责任人368名，其中开除42人，撤职18人，记过、记大过81人，解除劳动合同和辞退10人。
国防科工委———
采取整改措施，向国务院及有关部门报送专题报告
国防科工委针对在分配预算资金时年初预留比较突出的情况，采取整改措施，并向国务院及有关部门报送了专题报告，表示要对预算项目特别是年度总预算执行情况加强检查，发现问题及时查处和整改，并自觉接受监察、审计部门的专项监督，切实提高预算资金的使用效益。
交通部———严格把关，加强资金使用的监管
交通部成立了财经工作领导小组，严格把关，加强资金使用的监督管理。有关单位对照审计意见和审计决定，加强项目资金监督检查，提高资金使用效率。对专项收入组织专项检查，防止资金被擅自减免、占用。
广电总局———
开展专项工作，全面检查所属企事业单位执行财经法规的情况
广电总局对所属企事业单位执行财经法规情况进行全面检查，重点如下：是否按照国家有关规定开设银行账户；是否建立健全了会计内部控制制度；现金、银行存款、货物采购及销售内部控制制度执行结果如何；向银行或其他非金融机构借贷款是否经过单位集体研究决定，等等。
国家林业局———
检查纠正下属单位骗取财政贴息问题，违法违纪所得415．3万元全部退回
国家林业局检查纠正下属单位骗取财政贴息的问题。目前，4个单位骗取的财政资金已全部追回，4个单位违法违纪所得415．3万元已全部退回，并按《审计决定》交纳了罚款109．76万元。两项资金现已上缴中央财政。
国家食品药品监管局———
依法终止机关服务中心违法违规的土地开发建设协议，按照批准的立项内容进行土地开发
国家食品药品监管局认真纠正国有土地开发中的违纪问题，依法终止了机关服务中心违法违规的土地开发建设协议，并组成清理小组，负责协议解除后各事项的清理和清算等具体工作，严格按照国家批准的立项内容进行土地开发。
中科院、工程院———
针对本次审计查出16个院、所存在的问题，中科院举一反三研究整改措施；工程院重点加强咨询项目的经费管理和预算
中国科学院、中国工程院从纠正问题和加强管理两个层面认真对待审计揭示的问题。中国科学院院本级停止了计提养老保险储备金的行为，并将其他问题分解到职能部门逐一研究解决。针对本次审计查出16个院、所存在的问题，院综合计划局领导分别找各院、所领导及财务部门负责人研究解决问题的办法，并要求举一反三研究整改措施。中国工程院决定增加计划财务处编制，重点加强咨询项目的经费管理和预算工作，明确要求严格财务管理，做好今年预算执行工作，编制好2005年预算。
国家电网公司———
落实审计处理决定，规范公司管理，防止类似问题再次发生
国家电网公司针对审计发现的主要问题和共性问题，将各处理事项分解到公司系统各单位，要求各单位组织专人核实处理事项，落实处理决定，对审计发现案件中涉及党纪、政纪处分的责任人，按照干部管理权限进行处理；同时，制定和完善相关办法，进一步规范公司管理，防止类似问题再次发生。
云南省———
在全省范围内开展财政专项资金管理使用情况专项检查
目前，云南大姚地震违纪违规问题已基本得到纠正，滞留在受灾各县的救灾款已基本下拨完毕；恢复重建进度明显加快，大部分灾民搬入新居，学校建设全面开工；重灾户补助标准调高了900元；高标准统建点的补助标准被调低，统建点缺口资金得到计划安排。楚雄彝族自治州还追究了48名相关人员的责任，其中，28名党政干部受到党纪、政纪处分。大理白族自治州也对宾川县民政局、教育局主要领导进行了责任追究。滞留在受灾各县的救灾款基本下拨完毕，受灾户补助标准调高了900元。
皖、豫、苏等省———
严肃处理202名严重违纪违规的相关责任人；通报和曝光了一些典型案件
安徽、河南、江苏等省积极整改淮河流域洪灾救济补偿资金审计发现的问题。安徽省各有关县已收缴各类违规违纪资金5501．15万元，责令退回搭车清欠和违规收取的承包费435．31万元。河南省沈丘县政府已将未拨付的1783．8万元移民迁建补助资金全部拨付到位。江苏省要求有关部门将未及时拨付、安排使用的相关资金尽快落实到水利部门和灾民手中。目前，三省已严肃处理了202名相关责任人，通报和曝光了一些典型案件。李丽辉
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