自“鹰”中队装备苏-30之后，有关飞机和其质量的负面报道一直不断。在使用过程中印度空军官员发现第一批苏-30K中有几架根本就是原先为俄罗斯空军生产的苏-27UB，因为俄空军没钱买单而一直停放在IAPO。早先IAPO曾经想把进些飞机卖给外国军事订购人被拒绝，在和印度签订合同后这些换上新编号的飞机就被送到印度来充数。在平均飞行700小时后，印度技术人员发现所有8架战机的发动机叶片都出现裂痕，迫使印度空军不得不在当年9月将其全部停飞。这是印度空军首次停飞苏-30战斗机，也是这个型号的飞机在全球装备国的首次停飞。印度空军官员要求俄罗斯免费更换这些有缺陷的发动机部件，但乌法发动机生产厂(Ufa)要求印度付费更换，因为保修期已过。

　　　第二批苏-30飞机表现更是糟糕，发动机故障率非常高。飞机平均飞行300小时后发动机就会出现大故障，害得地勤人员只能不时进行大修。印度方面抱怨说，俄方提供的这批发动机有故障，可能会在俄方担保的使用寿命来到期之前就报废，另外在飞机加速飞行状态和垂直爬升状态中有机身滚动现象。俄方则强烈反驳这种指责，称在正常条件下，在担保寿命期内发动机不会提前报废，也不会导致飞行中各种故障现象的发生。俄方调查组认为，出现上述问题不仅是因为南亚地区的干旱炎热天气，还因为印军飞行员使用该型飞机训练时强度太高，还频繁在训练中演练垂直爬升以及“空中眼镜蛇”动作。更重要的是，印度空军的地勤维护工作不到位，在使用维护发动机时比较“粗暴”，使发动机寿命降低。

　　对此印度空军参谋长克里希纳斯瓦米将军简直忿忿不平，“不是说我们的飞行员缺乏训练而无法掌握苏-30吗?现在又说我们的训练强度过高而把飞机搞坏了！看来苏-30MKI只有待在机库里才最保险！”另外，对俄罗斯人关于地勤维护的说法印度军方也深不以为然，他们指出与苏-30MKI同样精密的幻影2000已经在印度空军部队中服役多年，却从未出现这些问题。

　　印度人还抱怨说，这些苏-30K飞机的机载雷达探测精度和识别目标能力不足。1999年3月，在印度空军举行的“空中力量”演习中，苏-30K的机载雷达虽然看得远，但却看不清，在演习中曾多次“击毁”己方飞机。印度空军司令部不得不下令苏-30的飞行员在依靠肉眼识别目标之前不允许开火，这直接导致了在同年11月的边界冲突中参战的苏-30听任巴基斯坦的F-7P大摇大摆地从眼皮底下溜走。

　　忍无可忍的印度空军拒绝再接收“半成品”飞机，并威胁将取消整个苏30MKI项目。俄罗斯方面则反驳说项目进度缓慢的直接原因是印方的拨款速度停滞不前，IAPO没有获得足够的资金采进行苏-30MKI的研制和试飞工作。从供货方来说，俄方是没有任何理由遭到指责的。

　　其实这里面还有一段小插曲，上世纪八十年代克里姆林宫出于全球战略的考虑以极其优厚的条件向印度提供所需的军事技术装备。其中包括向印度空军提供了米格-23／27攻击机和全套的生产线，而付款条件是按照“卢布-卢比”的模式进行的，且付款期限长达17年。苏联解体后，卢布比率狂跌造成卢布-卢比结算模式的崩溃。这之后就没有收到印方的后续款，俄方估计印度借此赖掉了所欠的70亿美元军火债务。所以莫斯科认为印方所提供经费中的一部分理所应当破视为以前的欠款，不过印度人却不这么看。新德里认为卢布-卢比模式崩溃造成付款困难的责任在俄方而不在印方，而且俄罗斯撕毁了前苏联时期签署的协议，不再按照友好价格和条件提供后备零件的行为实在有背信弃义之嫌。

　　俄方表示，如果合同最终无法全部完成，俄方不会退还研制经费，如果印度拒绝购买俄飞机，俄将立即废除生产许可授权。此外IAPO还威胁要把利用印度提供的发展经费研制出来的新技术装置在苏-30KN上出售给印度的北方邻国，该国也是巴基斯坦的长期盟友。在此之前印度人在和俄罗斯签定的合同中明确提出，苏-30MKI型飞机和该机的技术装备不得出售给这些国家。

　　在经过一系列的讨价还价之后，印俄双方对协议进行了修改。规定在交付了18架飞机之后，其余32架飞机将在苏-30MKI研制成功后再交付给印度空军。前面的18架飞机将在2004年底送IAPO提升至苏-30MKI的水平。另外在达成协议的同时，印度开始与法国接触商讨购买126架幻影20005型战斗机。具有长期使用法制飞机经验的印度空军认为，幻影飞机的可靠性或许要比苏-30MKI高一些。