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2006年11月3日,台湾“高检署”宣布机要费案侦结,陈水扁妻子吴淑珍等确定被提起公诉。检察官认定陈水扁涉嫌贪污和伪造文书罪嫌,需等陈水扁遭罢免或卸职后再侦办。
2006年12月15日,台北法院首次开庭审理机要费案,吴淑珍等出庭应讯,没有认罪。庭讯中,吴淑珍身体不适昏倒。法院择期继续审理。
2007年9月7日,机要费案开庭前,“总统府秘书长”叶菊兰发出公函,表示陈水扁已将该案相关的三项证据重新核定为“绝对机密”,“并应永久保密”。
2007年10月5日,台北地方法院驳回陈水扁将“公务机要费案”卷证资料核定为“国家机密”的申请。10月22日,台湾高等法院认为陈水扁无权声请发还“国务机要费单据”。
2008年5月,陈水扁卸任,特侦组立即分案侦办机要费案,并将陈水扁列为被告。陈水扁成为台湾司法史上第一位卸任领导人被检方列为侦字案被告的案例。
2008年11月12日:陈水扁被收监前高举手铐作秀17秒,高喊“政治迫害”、“司法冤狱”、“台湾加油”。13日,陈水扁宣布绝食,直至27日绝食宣告结束。
2009年02月10日,台北地方法院开庭审理陈水扁家族所涉弊案,吴淑珍到庭应讯,当庭承认伪造文书和洗钱罪。此前,吴淑珍曾以身体健康原因连续17次不出庭。
2009年9月1日,扁家所涉伪证案一审宣判,吴淑珍涉嫌教唆伪证,判刑2年,减刑为1年;陈幸妤、赵建铭、陈致中涉嫌作伪证,判刑1年,减刑为6个月;均未获缓刑。